NVIDIA, genom analizini daha hızlı ve ucuz hale getirdi


09 Mart 2021 Salı 09:49
ABONE OL
NVIDIA, genom analizini daha hızlı ve ucuz hale getirdi

NVIDIA ve Harvard‘dan bilim insanları, genetik araştırmada büyük bir atılım yaptı. Araştırmacılar nadir ve tek hücreli deneyleri çalıştırmak için gereken süreyi ve maliyeti önemli ölçüde azaltabilen derin öğrenme araç seti geliştirdiler.

Nature Communications‘da yayınlanan bir araştırmaya göre, AtacWorks adını alan araç seti, NVIDIA‘nın Tensor Core GPU‘ları sayesinde sadece yarım saatte iki günden fazla süren bir süreç olan bütün genom üzerinde çıkarım yapabiliyor.

AtacWorks onlarca hücreyi kullanarak aynı sonuçları elde edebiliyor

AtacWorks, sağlıklı ve hastalıklı hücrelerin genomundaki açık alanları bulmak için tasarlanmış, köklü bir yöntem olan ATAC-seq ile çalışıyor. Bu “açık alanlar”, bir kişinin DNA‘sının belirli işlevlerini belirlemek ve etkinleştirmek için kullanılan alt bölümleri olarak ifade ediliyor. Bu kısmın bir kişinin genomunun, Alzheimer hastalığı, kalp hastalığı veya kanseri olup olamayacağına dair bilim insanlarına işaret verebilen kısmı olduğu belirtiliyor.

ATAC-sec genellikle on binlerce hücrenin analizini gerektirir. Ancak AtacWorks onlarca hücreyi kullanarak aynı sonuçları elde edebilir. Araştırmacılar ayrıca AtacWorks‘ü, tipik olarak geleneksel yöntemler kullanılarak incelenemeyen alt tipler olan kırmızı ve beyaz kan hücreleri üreten bir kök hücre veri kümesine de uyguladılar. Ancak AtacWorks ile sırasıyla beyaz kan hücreleri ve kırmızı kan hücreleriyle ilişkili DNA‘nın ayrı parçalarını belirleyebildiler.

Genomu daha hızlı ve daha ucuz analiz etme yeteneğinin, belirli hastalıklara yol açabilecek spesifik mutasyonları veya biyobelirteçleri belirlemede uzun bir yol kat edeceği ön görülüyor. Araştırmacıların hastalığın nasıl çalıştığını anlamalarına yardımcı olacağı düşünülen yeteneğin ilaç keşfine bile yardımcı olması bekleniyor.

NVIDIA araştırmacısı ve makalenin baş yazarı Avantika Lal, araştırma ile yaptığı açıklamada konuya şöyle değindi;

“Çok nadir hücre türleri söz konusu olduğunda, DNA’larındaki farklılıkları mevcut yöntemleri kullanarak incelemek mümkün değil. AtacWorks, yalnızca kromatin erişilebilirlik verilerini toplama maliyetini düşürmeye yardımcı olmakla kalmaz, aynı zamanda ilaç keşfi ve teşhisinde yeni olanaklar da açabilir.” 




yazarHasan Karaüzüm

1999 yılında Ankara’da doğdu. Hacettepe Üniversitesi’nde öğrenci. İlgi alanı olan bilim ve teknoloji alanındaki gelişmeleri yakından takip ediyor. SDN aracılığıyla tecrübesini paylaşmayı seviyor.
Yazarın diğer haberlerine ulaşmak için tıklayın.

Abone ol
Bildir
guest
0 Yorum
Dahili geri bildirimler
Tüm yorumlar

" NVIDIA, genom analizini daha hızlı ve ucuz hale getirdi konulu haberimizde ShiftDelete.Net olarak sizlere NVIDIA, genom analizini daha hızlı ve ucuz hale getirdi ile ilgili son gelişmeleri aktarmak istedik. Hemen yukarıda NVIDIA, genom analizini daha hızlı ve ucuz hale getirdi ile ilgili yorum ve görüşleri inceleyerek sizlerde yorum bırakabilirsiniz. "

En yeni Videolar

  1. 1 Enfal Diner'in telefonuna baktık! Sürpriz hediyeli Enfal Diner'in telefonuna baktık! Sürpriz hediyeli
  2. 2 9 yıllık Samsung Corby inceleme! 9 yıllık Samsung Corby inceleme!
  3. 3 Windows'lu hava temizleyici Froumann N90SDS inceleme! Windows'lu hava temizleyici Froumann N90SDS inceleme!
  4. 4 1.500-2.500 TL arasında alınabilecek akıllı telefonlar! 1.500-2.500 TL arasında alınabilecek akıllı telefonlar!
  5. 5 Parasını hak ediyor mu? Nubia RedMagic TWS inceleme Parasını hak ediyor mu? Nubia RedMagic TWS inceleme
  6. 6 Ses çıkarmayan Logitech MK295 inceleme Ses çıkarmayan Logitech MK295 inceleme
  7. 7 Her telefonda internetsiz oynanabilen 5 oyun! Her telefonda internetsiz oynanabilen 5 oyun!
  8. 8 iPhone 6s'ten iPhone 12 Pro'ya geçince ne oldu? iPhone 6s'ten iPhone 12 Pro'ya geçince ne oldu?
  9. 9 İnternetçi abi Taylan Yıldız ile BMW i3s'te sohbet ettik İnternetçi abi Taylan Yıldız ile BMW i3s'te sohbet ettik
  10. 10 Samsung Galaxy S21 Ultra uzun kullanım testi! Samsung Galaxy S21 Ultra uzun kullanım testi!